Menurut keterangan dari sesepuh desa awal mula Desa Ngandagan adalah Pada jaman dahulu kala kurang lebih pada masa perang Diponegoro yaitu tahun 1825-1830, di tempat itu banyak sekali orang yang punya tujuan untuk membuat dirinya sakti dengan cara bertapa di tempat-tempat yang dianggap mempunyai kekuatan yang sampai sekarang tempat itu masih dikeramatkan oleh penduduk Desa Ngandagan yaitu Mbah Panji dan Mbah Mondoliko. Dengan banyaknya orang yang bertapa saat itu maka daerah itu dinamakan tempat pertapaan dan disebutlah tempat itu dengan nama Ngandagan (tempat pertapaan).

Pada waktu itu walaupun sudah ada Wilayah/Desa yang diberi nama Ngandagan dan telah dihuni sekelompok orang namun belum ada Pemerintahan ataupun Pimpinan Pemerintahan yang diangkat secara formal.

Kelompok masyarakat tersebut hidup secara bersama-sama dengan mengedepankan kerjasama dan musyawarah serta keamanan dijaga dan menjadi tanggung jawab bersama-sama, dalam hal mencarinafkah untuk kelangsungan hidupnya juga dilakukan secara gotong royong.

Baru mulai tahun 1861 muncul system Pemerintahan yang tertata meski masih sangat sederhana. Adapun Pimpinan Pemerintahan desa dari tahun 1861 sampai sekarang adalah sebagai berikut :

1. Tahun (1861 – 1869) BAPAK COGATI sebagai Kepala Desa
2. Tahun (1869 - 1899) BAPAK COWIRO sebagai Kepala Desa
3. Tahun (1899 - 1919) BAPAK KORET sebagai Kepala Desa

Dan BAPAK MANGKU SASTRO DIHARJO sebagai Sekdes/Carik

4. Tahun (1919 - 1939) BAPAK MARTODIHARJO sebagai Kepala Desa dan BAPAK MARTO SUDARMO sebagai Sekdes/Carik
5. Tahun (1939 - 1965) BAPAK SUMOTIRTO sebagai Kepala Desa

Dan BAPAK MARTO SUDARMO sebagai Sekdes/Carik

6. Tahun (1965 - 1989) BAPAK KARTODIMEJO sebagai Kepala Desa

Dan BAPAK WIRYATNO sebagai Sekdes/Carik

7. Tahun (1989 - 1997) BAPAK TUKIYONO sebagai Kepala Desa

Dan BAPAK WARIS SUTOPO sebagai Sekdes/Carik

8. Tahun (1997 - 1998) BAPAK SUGIYONO sebagai PJ Kepala Desa

Dan BAPAK WARIS SUTOPO sebagai Sekdes/Carik

9. Tahun (1998 - 2012) BAPAK ST. SUBROTO sebagai Kepala Desa

Dan BAPAK WARIS SUTOPO sebagai Sekdes/Carik

10.Tahun (2012 - 2018) BAPAK BAGIONO Sebagai Kepala Desa

    Dan BAPAK WARIS SUTOPO sebagai Sekdes/Carik

11.Tahun (2018 - 2019) BAPAK SUSILO sebagai PJ Kepala Desa

    Dan IBU LUWES CATUR SIWI WAHYU HARTATI sebagai

    Sekdes/Carik

12.Tahun (2019 - Sekarang) Bapak BAGIONO sebagai Kepala Desa Terpilih Dan IBU LUWES CATUR SIWI WAHYU HARTATI sebagai Sekdes/Carik.